Arfgerðagreiningarferlið; hvað getur klikkað?

Hvað gerist eftir að sýnatökuhylkin hafa borist til „greiningaraðilans“ – hvort sem það er Matís, Agrobiogen eða eins og oftast núna Íslensk erfðagreining?

1. Hylkin eru mjög notendavæn fyrir bændur – fljótlegt til að taka sýni, auðvelt að merkja ef maður vill, sýnin geymast í marga mánuði við stofuhita og eru auk þess frekar ódýr. En það er krefjandi að opna þau án þess að vefjabúturinn hoppar í burtu eða í vitlausri rörið. Það eru til opnunarvélar sem vinna með loftþrýsting en þar gerast oft mistök.
2. Þegar það heppnast, þarf að einangra DNAið úr vefjabútnum.
3. Þar á eftir verður framkvæmt svokallað PCR (Polymerase Chain Reaction) þar sem DNA-bútar eru „fjölritaðir“ þannig að þeir liggja fyrir í miklu magni.
4. Eftir það fer eiginlega raðgreiningin fram – annaðhvort bara ákveðnir bútar (svokallað Pyrosequencing) eins og gert er í 1-sæta- eða 6-sæta-greiningu hjá Agrobiogen (þar sem sætin 136/137/138, 151/154 og 171 eru greind í þremur skrefum) eða allt príonpróteinið (svokallað Sangersequencing eða raðgreining) eins og gert er hjá Matís eða ÍE.
5. Í lokin þarf að túlka útkomuna sem er oftast mynd af „bylgjum“ í mismunandi litum – eftir því hvaða amínósýra finnst í viðkomandi sæti. Ef stökkbreyting átti sér stað, er liturinn samkvæmt eðli málsins annar en án stökkbreytingar.
6. Á þessum grunni verður til Excel-skjal.
7. Og síðast þarf að lesa inn þessar niðurstöður inn í Fjárvís, sem gerist hjá RML.
8. Hvernig maður túlkar þessa stafi í Fjárvís, sést hér.

Hvað getur klikkað?

Það getur gerst að hylkið inniheldur ekkert sýni – ef svarti sýnatökubroddurinn datt af á meðan sýnið var tekið (sem getur stundum gerst, t.d. ef kindin hreyfist allt í einu). Mjög sjaldan er viðkomandi vefjabútur einhvern veginn ónýttur. Ef sýnið er ónýtt, þá kemur það fram í Fjárvís. Þú ferð inn í „yfirlit“, svo „DNA sýnaleit“ og þar geturðu valið að sjá „ónýtt“ sýni:

Í greiningarferlinu geta líka gerst mistök þótt það gerist ekki oft. Gallinn er sá að maður tekur ekki eftir þeim ef niðurstaðan væri rökrétt miðað við arfgerð foreldrana. En við því er lítið að gera – nema að endurtaka greininguna ef mikið liggur við.

En hverjar eru helstu mögulegar ástæður fyrir ranga niðurstöðu (og hverjum eru þær að kenna)?

• Víxl á sæðisstrá þegar móðirin var sædd (bóndinn/sæðingarmaðurinn gerði rangt).
• „Krosssmit“: ef gripur blóðgast við sýnatökuna geta næstu sýni blandast röngu DNAi ef ekki er þrifið nógu vel á milli (bóndinn).
• Víxl við skráningu hylkjanna í Fjárvís (bóndinn).
• Strikamerkin ekki lesin rétt inn (greiningaraðilinn).
• Víxl á vefjabútum (greiningaraðilinn).
• DNA-agnir slysist ofan í efni/búnað sem er notaður við undirbúning margra sýna (greiningaraðilinn).
• Léleg DNA-gæði -> dauf niðurstaða (engum að kenna – tilviljun).
• Bylgjurnar illlæsilegar út af göllum í greiningarferlinu (greiningaraðilinn).
• Mannleg mistök við túlkun eða skráningu í Excel-skjalið (greiningaraðilinn).
• Villa við innlestur í Fjárvís (RML).

Hvað er hægt að gera?

1. Venjulega er DNA-rest eða meira að segja PCR-afgangur geymdur hjá greiningaraðilanum. Ef svo er, er hægt að renna þetta aftur í gegn. (Oftast ekki raunhæft ef greiningaraðilinn er ÍE.)
2. Ef svo er ekki eða ef niðurstaðan er eins og áður, er eina leiðin að taka nýtt sýni úr gripnum og endurtaka greininguna með því.

Þannig að: Ef niðurstaðan skiptir virkilega máli, borgar sig að hafa samband við RML strax. Ekki láta telja sér trú um að þetta sé bara manni sjálfum að kenna! (Sem getur auðvitað líka verið, en hitt er alveg eins líklegt!) Allavega er nauðsynlegt að finna lausn – til fá rétta niðurstöðu.